في مثل هذا اليوم 7 فبراير 2006، تمكن عمرو زكي من قيادة منتخب مصر إلى نهائي بطولة الأمم الأفريقية، حيث سجل هدف الفوز أمام السنغال في مباراة الدور قبل النهائي التي أقيمت باستاد القاهرة وانتهت بفوز “الفراعنة” بهدفين مقابل هدف، إذ افتتح أحمد حسن التسجيل لمنتخب مصر من ركلة جزاء في الدقيقة 37، ثم عزز زكي التقدم بإحرازه الهدف الثاني في الدقيقة 81، بينما سجل ممادو إنيانج هدف السنغال الوحيد في الدقيقة 51.
تأهل المنتخب المصري إلى نهائي أمم أفريقيا 2006 على حساب السنغال، ليحقق اللقب للمرة الخامسة في تاريخه بعد انتصاره على كوت ديفوار بركلات الترجيح بعد انتهاء المباراة بالتعادل السلبي في الوقت الأصلي والإضافي.
وفي مباراة نصف النهائي بين مصر والسنغال، شهدت المباراة حادثة لا تُنسى بين المدرب حسن شحاتة واللاعب أحمد حسام ميدو، حيث كانت المباراة تشير إلى التعادل الإيجابي 1-1 حين قرر شحاتة استبدال ميدو بعمرو زكي في الدقيقة 79، مما أثار غضب ميدو الذي دخل في مشادة كلامية حادة مع المدرب، لكن تدخل القائد حسام حسن حال دون تفاقم الموقف.
بعد ثلاث دقائق من دخول زكي الملعب، سجل هدفه، وهو ما رآه شحاتة بمثابة تخفيف لضغط المباراة، بينما بدا على ميدو الحسرة على استبداله وواجه هتافات جماهير منتخب مصر التي كانت تشجع بحماس في المدرجات.
على الرغم من احتفاظ المنتخب بلقب البطولة، قرر حسن شحاتة استبعاد ميدو من النهائي وأصدر الاتحاد المصري لكرة القدم عقوبة بإيقافه عن اللعب مع المنتخب لمدة ستة أشهر. وعلى الرغم من انفراج الأجواء بعد التتويج، إلا أن العلاقة بين ميدو وشحاتة لم تعد كما كانت، حيث لم يُستدعى ميدو سوى للمشاركة في ثماني مباريات دولية فقط دون أن يتم اختياره في أي نسخة من كأس أمم أفريقيا.
